随着生物信息学作为一门新兴的交叉学科受到越来越多的关注生物信息学在线软件，数据分析也成为了生物信息学研究的热点，今天给大家分享一些常用的分析软件。
慷慨
GENEIOUS是一款用于分析和处理生物信息学数据的综合性生物信息学软件，支持序列比对和系统分析、引物设计、克隆和限制性分析、NCBI和EMBL的使用、BLAST、蛋白质结构查看、自动医学搜索等功能。
DAVID, KOBAS, GOplot
在进行差异基因表达分析时，获得显著差异表达的基因后，下一步就是分析这些基因参与什么功能。最常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析。因此小编推荐使用在线分析工具DAVID和KOBAS进行KEGG通路富集分析，并使用GOplot绘制高值GO分析图。
DAVIDBioinformatics 资源 6.8
KEGG 直系同源注释系统 (KOBAS)
GO图
进化论
Evolview是一款功能强大的在线进化树编辑软件，可用于绘制高质量的进化树。它提供了17个样本树和5个具体的项目示例。此外，它还可以导出多种格式的文件，包括pdf、svg、tif和png。绘制的系统发育树可以永久保存在网站上或共享。主界面由7个部分组成：（1）徽标。单击图标将在弹出面板中显示Evolview使用情况的统计信息；（2）标题栏；（3）快速访问工具栏；（4）搜索框；（5）树样式；（6）数据集控件。使用图标可以轻松操作数据集。用户可以选择隐藏用户数据面板；（7）画布，显示可视化结果。Evolview允许用户以多种格式保存数据生物信息学在线软件，包括Newick、Nexus、NHX、PhyloXML以及SVG、PNG、TIF和PDF等图像格式。此外，Evolview网站是免费访问的，并向所有用户开放。 无需登录。您也可以免费注册一个账户，将您的数据保存在服务器上。
放射科
RSeQC 是一个 RNA-Seq 质控工具，提供了一系列实用工具来评估高通量测序。一些基本模块包括检查序列质量、核酸成分偏倚、PCR 偏倚和 GC 含量偏倚，以及评估测序饱和度、映射读取分布、覆盖均匀性、链特异性和转录本水平 RNA 完整性等 RNA-Seq 特定模块。
路径视图
Pathview 是一个可视化 KEGG 通路的 R 包。它是一套基于通路的数据整合和可视化工具集。KEGG 通路可以从 KEGG 网站下载并个性化。它将各种生物数据绘制并呈现在相关的通路图上。可以绘制基因和代谢通路的热图。Pathview 可以自动下载通路图数据、解析数据文件、将用户数据映射到通路，并使用映射的数据呈现通路图。此外，Pathview 与通路和基因集（富集）分析工具无缝集成，实现大规模、全自动化分析。
要安装此包，请启动 R（版本“4.1”）并输入：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("pathview")browseVignettes("pathview")
反SMASH
antiSMASH 是 antibiotics & Secondary metabolite Analysis Shell 的缩写，是目前最好的寻找代谢基因簇的软件。一般来说，代谢途径中参与生物合成酶的基因在染色体上成簇排列。基于指定的模型类型，可以准确识别所有已知的次级代谢基因簇。在 antiSMASH 中，次级代谢基因簇被分为 24 类。antiSMASH 所依赖的软件有 ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM 和 muscle。它可以识别所有已知次级代谢产物（聚酮类、非核糖体肽类、萜烯类、氨基糖苷类、氨基香豆素类、吲哚咔唑类、抗生素类、细菌素类、核苷类、β-内酰胺类、丁内酯类、铁载体类、黑色素等）的生物合成位点。 它将基因簇水平上已识别的区域与包含所有其他已知基因簇的数据库中的最近亲属进行比较，并在交互式视图中整合或交联所有先前可用的次级代谢物特异性基因分析方法。
正中十字韧带
OrthoMCL 是一款直系同源基因聚类软件，不仅可以获得多个物种共有的直系同源基因，还可以分别获得物种特定基因家族的扩展。OrthoMCL 提供了一种可扩展的方法来构建跨多个真核生物分类群的直系同源组，使用马尔可夫聚类算法对（假定的）直系同源物和旁系同源物进行分组。当应用于两个基因组时，该方法的表现与 INPARANOID 算法相似，但可以扩展到对来自多个物种的同源物进行聚类。OrthoMCL 已应用于七个公共基因组（人类、苍蝇、蠕虫、酵母、拟南芥、疟原虫恶性疟原虫和大肠杆菌）的蛋白质组学数据集。
基因之星
DNAStar是一款序列分析软件，由EditSeq、MegAlign、GeneQuest、MapDraw、PrimerSelect、Protein、SeqManII七个模块组成。MegAlign模块最多可以组装64000个片段。整个组装过程实时显示，并提示可能的完成时间。组装结果以序列、策略等形式展示。
DNA工具
DNATools5.1软件可以快速获取、存储和分析从数据库查询中获得的序列和序列相关信息。DNATools的包容性很强，当程序无法识别序列的格式时，比如通过查找常用序列格式的特征，它会显示文件的文本形式，以便您可以对其进行编辑以生成正确的蛋白质或DNA序列，然后在编辑后将其加载到程序中。如果序列是DNATools格式，例如DNA或寡核苷酸序列，程序将加载不带注释的序列，并调整程序模式以接受加载的数据类型，例如蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列。可以将数千个序列或引物添加到一个项目中，并在整个项目中分析这些序列和标题。该程序的一个特点是为每个序列或引物添加一个文本标题，以便可以用自定义标题识别序列。
生平编辑
BioEdit是一款具有序列分析和序列比较功能的软件。它具有友好的用户界面，并集成了其他已经有效的序列比较软件。BioEdit还有很多有用的相关站点链接。虽然软件结构看起来简单，但扩展性很强，可以自由地与许多软件集成，例如viewtree。
菲利普
Phylip是最常见的系统发育树分析软件，主要包括五个功能软件：
用于分析 DNA 和蛋白质序列数据的软件；
将序列数据转化为距离数据后，进行距离数据分析的软件；
基因频率和连续元素分析软件；
通过单独处理每个碱基/氨基酸来分析序列的软件；
根据DOLLO简约算法分析序列的软件；
用于绘制和修改进化树的软件。
