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GEO数据库为什么是RNA
由于GEO是基因表白综合数据库，RNA是成功遗传消息在蛋白质中的表白。
从GEO数据库失掉GSE数据集，该数据集蕴含胃癌疾病与反常样本的表白谱数据，挑选出其中差异表白的lncRNA。
下载GSE和GSE数据集以及对应的临床数据，经过GSE数据集来构建一个临床预测模型，识别出与预后清楚相关的lncRNA，经过GSE数据集对模型启动验证。
进一步的经过多起因剖析来钻研ACJJ分期、性别、年龄和样本的危险分数与临床预后的相关。
最后经过ssGSEA来发现样本的高下危险组之间通路富集的差异状况。
数据库介绍丨肿瘤数据库，可不仅有TCGA、GEO！
在钻研肿瘤数据库时，广为人知的TCGA和GEO确实有其价值，但本文将为您提醒一些不为人知但雷同适用且继续降级的数据库资源。
这些数据库依照综合、基因组和转录组类别划分，协助您更片面地探求癌症相关数据。
首先，综合性肿瘤数据库包括：
接着是肿瘤基因数据库，如：
最后是肿瘤转录组数据库，例如：
GEO、TCGA&ICGC测序数据下载？
在科研上班中，咱们经常能应用现有的开源高通量数据来到达钻研指标。
当天，就为大家引见三种失掉测序数据的方便路径：GEO、TCGA和ICGC。
GEO是NCBI下属的数据库，收纳世界钻研者上行的芯片和测序数据。
GEO数据有五种组织方式：GPL、GSM、GSE、GDS和GEO profiles，其中GPL、GSM和GSE是原始数据，GDS和profiles则是经过挑选和整顿的。
GEO数据格局多样，包括SOFT、MINiML、Series Matrix files和Supplementary files等。
比如GPL的annotation文件有助于芯片探针到基因名的转换，GSE则蕴含样本表白矩阵敌对台消息。
TCGA，即癌症基因组图谱方案，提供少量癌症样本数据，如基因组、表观基因组等，对癌症钻研和治疗有严重奉献。
从官方下载TCGA数据，可经过网页界面或gdc-client工具，包括间接搜查下载和工具下载两种方式。
ICGC，国内肿瘤基因组协会，指标是世界单干钻研，搜集和剖析肿瘤基因组数据。
原始数据下载有限，重要在Data repository，而DCC Data releases和Cancer projects中的数据则更易失掉，包括整顿过的动物样本和临床消息。
无论是GEO、TCGA还是ICGC，下载数据时，选用间接链接或应用官方工具，都能协助咱们高效地失掉所需消息。
这些数据库的资源丰盛，对科研人员的钻研上班具备很大价值。
