在生命科学文章中我们经常看到“地图”插图,可以用来展示采样地点、种群地理分布、动物迁徙、昆虫(帝王蝶、蝗虫、稻飞虱等)迁徙、植物病害流行情况等。 、疾病传播等。例如下面的高分文章插图:
(科学,2018)
(细胞研究,2016)
(植物病理学年度回顾,2011)
(《自然》,2014)
毫无疑问,添加地图插图会给文章或者演讲PPT增色不少,给人一种具有“全球”视角的感觉。但绘制地图插图绝非易事。从上面例子中不同风格的插画可以看出,大家使用的方法都“非常复杂”。
我能想到的方法是:截取地图并用PS或AI标记(数据较小时),也可以使用各种R包来绘制,甚至使用专业的地理信息软件ArcGIS等。 ,有些人使用Ai等矢量软件。使用钢笔工具复制可以分段着色的矢量...
今天给大家介绍一个使用Origin绘制以地图为背景的气泡图的简单方法(类似上面的第二个例子)。
数据准备
手头没有类似于小组研究的采样位置数据。我们以之前的数据“Omicshare发表的SCI文章在各省被引用的数量”为例。这里我们只使用经纬度数据(针对省会城市)和对应的文章数量(使用浅绿色标记),前者用于确定气泡在坐标区域中的位置,后者用于确定气泡的大小的气泡,如下图所示。 。
经纬度数据可以在线搜索和下载,也可以在在线地图上手动获取。
绘图过程
将以上数据粘贴到 Origin 表中,然后在 Plot 菜单中绘制气泡图。方法如下。
选择和添加数据的方法如下所示。
单击“确定”完成绘图。双击气泡可以更改气泡的填充颜色和边框颜色、不透明度、大小等。气泡图已经初步绘制完成(如下图),现在我们开始添加地图背景。
然后,打开视图菜单下的应用程序(快捷键:Alt+9)窗口,单击 Google 地图导入应用程序以打开对话框窗口。
地图背景是使用选取框(ROI 框中的区域)导入的。可以通过将鼠标移近边框来调整选取框的大小。在红色选取框区域内拖动鼠标指针即可移动选取框;将鼠标指针拖到红色选框区域外即可移动地图;鼠标中间滚轮缩放地图(可以看到不同级别)。
如果想要准确选择区域,可以点击左上角的经度和纬度值,手动输入经度和纬度值,选择框的大小和位置会相应改变。
地图类型有 4 种。此处选择默认路线图。还可以选择地形图、卫星图等,这里就不展开了。大家可以自行探索。
import to(导入到)选择Graph Background;取消此处Label(地名)的显示;勾选Rescle Layer by Map,会根据选择的地图区域自动调整坐标轴的范围。最后,单击导入为更新将地图导入到打开的图表中。双击气泡,根据地图颜色调整气泡的颜色和大小(缩放因子)。结果如下图所示。
右键单击轴标签,选择“TickLabels”,在“后缀”框中输入 \(a176)绘制地形图软件,并在轴标签中添加单位“度”。方法如下所示。
最终结果如下图:
插件安装
在《》一文中,介绍了Origin强大的扩展工具(Apps),例如HeatMap Dendrogram插件。本文使用的插件和示例数据(见下图)已上传至论坛。点击阅读原文即可下载。
插件的安装方法非常简单。只需将.opx文件拖到打开的Origin界面(注意9.5之后的版本都安装)即可完成安装。
Google 地图导入使用 Google 的服务。由于众所周知的原因,安装后,打开Google Map import时会出现没有地图的情况。
这个时候不用担心。我们考虑过中国用户。只需单击首选项按钮将Word更改为中国,关闭并重新启动软件即可。方法见下图。
今天就到此为止啦~
参考
Delgado-BaquerizoM、Oliverio AM、Brewer TE 等人。王志强, 等. 土壤优势菌全球图谱[J]. 科学, 2018,359(6373):320-325.
王国光,翟伟,杨慧心,等。走出东亚南部:世界各地家犬的自然史[J].细胞研究,2016,26(1):21。
辛格 RP、霍德森 DP、韦尔塔-埃斯皮诺 J 等人。茎锈菌Ug99小种的出现对世界小麦生产构成威胁[J].植物病理学年度评论,2011,49:465-481。
詹 S,张 W,尼特波尔德 K,等。帝王蝶迁徙与警戒色的遗传学研究[J].自然绘制地形图软件,2014,514(7522):317