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MSConvert 质谱文件格局简介及其转换 ProteoWizard 菜鸟博士学习 (MSConverGUl软件)

     2024-10-22 14:30:35     281

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【菜鸟博士学习】【ProteoWizard MSConvert】质谱文件格局简介及其转换

【ProteoWizard MSConvert】片面解析质谱文件格局及转换适用教程

在质谱剖析中,面对泛滥冗杂的文件格局,了解并转换文件至关关键。

虽然规范化的尝试使得数据共享变得或许,但厂商间的固有格局依然经常出现。

ProteoWizard的MSConvert工具就为咱们提供了处置打算,它允许多种数据格局转换,包含但不限于:

关于Linux用户,MSConvert的命令行版本需借助wine或docker来运转,例如:

但是,Linux版MSConvert在经常使用框架上或许会遇到一些应战。

Windows用户则可以思考经常使用图形用户界面,虽然速度和数据处置或许不如Linux灵敏,但操作相对繁难,只有设置适合的过滤条件,如Peak Picking和MS Levels 1-2。

转换环节中或许会遇到失误,须要细心排查。

在经常使用其余格局转换软件时,务必留意选用适合的参数和性能,以确保数据品质和效率。

总的来说,ProteoWizard MSConvert是质谱文件格局转换的得力助手,无论你是Linux还是Windows用户,把握正确的经常使用方法能极大地简化上班流程。

遇到疑问时,记得查阅官方文档或寻求社区协助。

Docker入门

docker概念 docker意为码头工人(Dock Worker),即从船上装卸货物的人。

这与它的性质十分贴切。

docker 官方是这样解释自己的,

目前阿里,京东,腾讯早已将docker运行到消费环境。

docker 历史

Docker 公司后来是一家名为 dotCloud 的平台即服务(Platform-as-a-Service, PaaS)提供商。

底层技术上,dotCloud 平台应用了 Linux 容器技术。

为了繁难创立和治理这些容器,dotCloud 开发了一套外部工具,之后被命名为“Docker”。

Docker就是这样降生的!

2013年,dotCloud 的 PaaS 业务并不景气,公司须要寻求新的打破。

于是他们延聘了 Ben Golub 作为新的 CEO,将公司重命名为“Docker”,丢弃dotCloud PaaS 平台,怀揣着“将 Docker 和容器技术推向全环球”的使命,开启了一段新的征程。

如今 Docker 公司被广泛以为是一家翻新型科技公司,听说其市场价值约为 10 亿美元。

Docker 公司曾经经过多轮融资,吸纳了来自硅谷的几家风投公司的累计超越 2.4 亿美元的投资。

docker 特色

docker 外围概念

docker镜像是一系列文件,它来源于linux联结文件系统,经过火层成功镜像文件的存储。

容器实质上是一个进程,你可以把它构想成虚构机但是它跟虚构机齐全不同。

docker仓库在 ,当然国际有163,网易蜂巢镜像。

假设是private的就须要自己搭建镜像中心了。

docker上班流程

如上图,docker的上班流程大抵是,

docker的网络 docker的关键在于容器外部与宿服务器的通讯,咱们知道的有三种类型,Bridge 独立网络,Host与宿服务器经常使用同一网络,None无网络。 参照: Docker四种网络形式 -()

Docker pull[OPTIONS] NAME{:TAG} 镜像称号:版本

Docker images[OPTIONS] [REPOSITORY[:TAG]]

Docker run [OPTIONS] IMAGE [:TAG] [COMMAND][ARG…]

Docker rm NAME

docler exec -it backend-tomcat bash

以定制一个 nginx 镜像(构建好的镜像内会有一个 /usr/share/nginx/html/ 文件)

留意:Dockerfile 的指令每口头一次性都会在 docker 上新建一层。

所以过多有意义的层,会形成镜像收缩过大。

所以可以以 && 符号衔接命令,这样口头后,只会创立 1 层镜像。

详细的指令参考: Docker Dockerfile | 菜鸟教程 ()

docker装置zookeeper&zookeeper基本经常使用(十分详细)

docker装置zookeeper&zookeeper基本经常使用(十分详细)

简介:

zookeeper是经典的散布式数据分歧性处置打算,努力于为散布式运行提供一个高性能,高可用,且具备严厉顺序访问控制才干的散布式协调存储服务

Apache Hadoop大数据生态外面的组件的图标大局部都是生物,例如?、?、?、?,而zookeeper的图标是一个拿着铲子的???,是治理大数据生态系统各组件的治理员。

zookeeper的详细通常解说和性能请检查菜鸟教程zookeeper,本篇文章所有为实战

1. docker装置zookeeper

下载zookeeper 最新版镜像

docker search zookeeper docker pull zookeeperdocker images//检查下载的本地镜像 docker inspect zookeeper //检查zookeeper详细消息

新建一个文件夹

mkdir zookeeper

挂载本地文件夹并启动服务(留意要挂载自己的目录)

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper

参数解释

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper

检查容器

docker ps

进入容器(zookeeper)

第一种形式

docker run -it --rm --link zookeeper:zookeeper zookeeper -server zookeeper //这样的话,间接登录到容器时,进入到 zkCli中

第二种形式(介绍)

docker exec -it zookeeper bash//只登录容器,不登录 zkCli ./bin///口头脚本新建一个Client,即进入容器2. zookeeper基本经常使用(Linux)

思想导图:

接上去是各命令的经常使用和展示

其实最关键的命令应该是help命令,可以检查协助

新增结点 格局:create [-s] [-e] [-c] [-t ttl] path [data] [acl] 解释:[-s] : 创立有序结点 [-e] : 创立暂时结点 [-c] : 创立一个容器结点,容器结点关键用来容纳字结点,假设没有给其创立子结点,容器结点体现和耐久化结点一样,假设给容器结点创立了子结点,后续又把子结点清空,容器结点也会被zookeeper删除。定时义务自动 60s 审核一次性 [t ttl] : 创立一个TTL结点, -t 期间(单位毫秒) path: 门路 ,由于没有中括号,所以是必定参数。 [data]:结点的数据,可选,假设不经常使用时,结点数据就为null [acl] :权限关系,前面文章会专门讲

展示 :

创立耐久结点: create /test 测试 (自动创立无序耐久结点)

创立耐久化有序结点:create -s /1_node 1

创立有序结点时,Zookeeper会在咱们知道的结点称号前面补一个有序的,惟一的递增数字后缀

创立暂时结点:create -e /3_node

以后客户端和zookeeper衔接断开后,暂时结点将被肃清

当从新衔接后:

创立暂时有序结点:create -e -s /node3 2

创立容器结点:create -c /node4 容器结点

创立TTL结点:create -t 2000 /node5 TTL结点

检查命令格局: get [-s] [-w] path //检查结点存储的值及其结点形态解释:[-s] : 检查结点数据和结点形态(字段含意看上方的stat)[-w] : 检查结点,并减少一个监听器,当指定的znode或znode的子结点数据更改(set path -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper0

前面有提过,Acl可以设置多个,用逗号隔开,在这里咱们传入一个List<ACL>汇合,示意咱们的控制权限

咱们来看一下Acl的结构函数:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper1

咱们一个个来看详细的参数:

int perms:其实就是permission,文件的权限,取值包含read、write、create、delete、admin(rwcda)这里用数字示意:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper2

Id id:代表授权的对象,值依赖于schema

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper3

综上所示,假设咱们想要发明一个自动的结点(无序、耐久、任何人都领有一切权限),咱们得这样写:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper4

看上去有一点点繁琐,一切zookeeper官方为咱们封装了一个类,用来示意访问的权限,咱们看一下Ids,是一个接口

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper5

有了这个类上方的代码咱们可以这样写:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper6

当然只封装了一些繁难的形式,复杂形式还是须要咱们自己手动创立Acl,但是懂的了原理就很繁难了

这里繁难封装一下ACL的四种形式:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper7

CreateMode是一个枚举类型,用来示意创立结点的类型,包含有序、无序、耐久、暂时

枚举对应取值有:

单词中文含意PERSISTENT(persistent)耐久EQUENTIAL(ephemeral)暂时SEQUENTIAL(sequential)有序 docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper8

讲了很多通经常识,如今开局通常一下

创立无序耐久结点

在工具类中减少:

docker run -d -e TZ=Asia/Shanghai -p 2181:2181 -v /root/docker/zookeeper:/data --name zookeeper --restart always zookeeper9

测试一下:

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper0经常出现有序耐久结点

无序耐久结点是自动的结点类型,其余的结点也可以封装方法,或许间接用最原始的create方法,经过CreateMode控制就好了

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper1创立auth形式结点

在ZkHelper中减少方法

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper2

测试:

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper3

结果:

其余类型结点可以口头封装工具类

检查消息

检查的命令为:

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper4

这里封装的方法就有点多了,先封装get和stat方法,在ZkHelper减少以下方法

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper5

测试:

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper6

接上去是ls [-s] [-w] [-R] path

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper7

测试:

-e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --restart always #一直从新启动zookeeper8

结果:

其余方法可以口头封装和测试

删除结点 -e TZ=Asia/Shanghai # 指定上海时区-d # 示意在不时在后盾运转容器 -p 2181:2181 # 对端口启动映射,将本地2181端口映射到容器外部的2181端口 --name # 设置创立的容器称号 -v # 将本地目录(文件)挂载到容器指定目录; --rest

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