存钱：
本节主要包含以下内容：
Linux 的基本概述和获取生物识别软件
conda/mamba的安装及环境配置
conda/mamba 基本使用流程
用于生物学领域相关研究的软件统称为“生物学软件”。 与我们日常生活中经常接触到的相比，存在着巨大的差异。
所以，“安装软件”这个看似在我们生活的方方面面无所不在、简单得不能再简单的事情，将是拦住大部分生物学领域朋友的第一个绊脚石（当然也是最后一个）。 如果软件安装成功就意味着胜利在望（提前开香槟？）
这类软件通常是基于Linux环境开发的（有的软件只包含几个python脚本，太懒了）。 它只是为了解决某类特定问题而开发的，针对性很强。 与“老朋友”相比（咱们来说说），你钓鱼的时候都用哪些app？
）、获取困难（软件版本和安装方式太多，该选哪一种？）、安装过程繁琐（很多软件依赖和版本冲突）、不好使用（几乎没有图形界面） ，只需输入命令即可运行软件），基本上就是说，“只要能用，你想要什么样的自行车？”
对于初学者来说，生物识别软件就像宇宙中的星星，无数、耀眼、神秘。我们站在地球上，抬头仰望，心生敬畏，却遗憾无法理解其原理，触及其本质。
因此，我把这个新系列命名为“摘星”（
），主要内容有：各种生物识别软件的安装指南、安装过程中报奇怪错误的排查流程、常用shell命令的应用
话不多说，来看看拼道是如何摘星的吧~
01
Linux 概述和获取生物识别软件
在摘星之前，我们需要对Linux有一些初步的了解
Linux是一个自由、开源的操作系统，支持多用户、多任务、多线程和多CPU（相当于Windows，是免费的）
），其内核最初由 Linus Benedict Torvalds 发布（注意他的名字）
当我们通常提到Linux时，我们通常指的是基于Linux内核的一类操作系统。 它们的名字可能不同，但都包括这四个部分：Linux内核、GNU工具、图形桌面环境和应用软件
基于Linux内核的操作系统有很多版本，按照封装方式可以分为：Debian系统、Red Hat系统、Slackware系统等。不同发行版的操作系统基本相同（所有应该包括在内，即使它们不可用，也会被替换）。 药品）。
其中基于Debian的Ubuntu和基于红帽的CentOS在生物领域比较常用（我用的是Ubuntu，所以以后主要用Ubuntu。
），Ubuntu的图形界面如下：
与Windows相比，Linux占用资源更少，运行效率更高，并且具有图形界面。 它更喜欢使用命令行来操作系统和管理日常任务（邪恶的黑匣子）
Linux内核系统可以通过以下方法获取：
源镜像安装：下载release版本对应的安装镜像并安装（步骤与安装Windows操作系统类似）
虚拟机：通过在装有Windows系统的个人计算机上安装虚拟机软件，然后使用虚拟机来管理多个虚拟系统。 您需要安装虚拟机，然后安装release版本对应的镜像。
子系统：在Windows App Store中配置并安装子系统（父是Windows，子是Linux，但是子必须听我的
）
服务器租赁：租一台预装Linux内核操作系统的服务器（服务器也是电脑，但离我们很远）
目前服务器租赁是大多数科研团体的首选（省钱、省心、省人）。 这里主要介绍如何在个人电脑上远程登录服务器、上传文件、部署任务（后续会更新其他部署教程）
在个人电脑上访问服务器，需要使用支持ssh协议的软件，例如Xshell（访问和控制服务器）和Xftp（上传/下载文件到服务器）
两者需要配合使用，缺一不可。 此类软件有很多种，可以根据个人喜好选择（有很多，比如PUTTY、Hyper、Terminus、OpenSSH等，Xshell的界面不是很好看，所以可以用）
Xshell和Xftp的安装和使用
点击免费授权页面单独下载。
安装完成后，桌面上会出现这两个图标（小海螺和绿色文件夹）。
双击“海螺”，界面如下：
点击左上角绿色十字，弹出如下界面。 红框中，主机、协议、端口号为必填项（相关信息请自行查询或向相关人员询问）
然后点击用户认证，输入你的用户名和密码，点击链接即可访问服务器~(
）
然后双击绿色文件夹，界面如下：
还是点击绿色十字，填写相关信息（我之前在海螺里填过）
以上就是bioxin软件涉及的Linux基本内容，接下来“摘星”之旅就正式开始了（笑）~
02
conda/mamba的安装及环境配置
在“摘星”之前，我们需要先了解一下“明星”有哪些类型
Bioxin软件版本有多种，根据安装方式可分为以下两类：
使用conda/mamba安装：Bioxin软件主要是用python编写的，不同的软件需要不同的依赖（主要是不同版本的python、依赖库等软件），安装和管理起来非常麻烦（素食者和肉食者）住在一起……怎么吃饭？），于是conda应运而生，主要用于管理不同版本的软件和python环境（用墙将两者分开，提供个性化服务）
）
源码安装：有些软件没有部署在conda中。 需要下载源码安装包，解压，编译安装（很烦人，经常报错，缺少各种依赖ubuntu软件安装在哪里，非必要不要选择这种方式）
因此，使用conda安装管理软件是我们首选的方式（
）
conda虽然好，但是对我们来说却有一个致命的问题。 它“太慢了”（各种意义上都很慢）
由于国内网络环境（不可抗力）以及conda中各种软件包异常多（太多了，不同软件有不同的依赖关系，每次安装软件都要遍历软件库），使用conda安装软件非常困难。 这是非常非常耗时的（少则一小时，多则三五天）。 好在聪明的老板们开发了mamba软件，效果突出（老板再也不用担心软件安装慢了）
mamba 和 conda 的使用逻辑是完全一样的。 只需将相关命令中的 conda 替换为 mamba 即可。
所以，使用mamba安装管理软件才是我们真正的首选（不然后患无穷）
请参阅下面的曼巴文档：
点击Mambaforge distribution跳转到下载界面
只需根据操作系统版本下载对应的安装包即可。
将下载的安装包传输到服务器上（本例是在个人文件夹下新建一个名为software的文件夹，并将安装包放在该文件夹中），使用cd命令进入software文件夹，执行以下命令启动安装：
bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh
按 Enter 继续
继续按Enter键（一路doge），注意不要按太多。 出现提示时您接受许可条款吗？ [yes|no]，输入yes，然后回车（我这里按太多了，再试一次）
这时弹出如下界面
在这里，我们可以指定mamba的安装目录。 如果不指定，默认会安装到/home/用户名/miniforge3，然后回车等待安装完成。
出现这个提示时，输入yes，执行初始化操作（各位亲不要惊慌，如果这里因为拼写错误导致初始化失败，后面可以使用mamba init命令）
至此，mamba已经安装完毕，但是当我们兴奋的想运行两个命令时，却出现了如下提示： conda: command not found (doge)
为什么？ 为什么？ 为什么？
因为我们还有尾巴要没收，为了方便我们在电脑的任何地方执行mamba命令，我们需要在系统环境变量中写入该软件的路径信息（告诉电脑去哪里找到这些命令）
接下来我们通过vim软件修改personal文件夹中的.bashrc文件（位于用户的个人文件夹中，存放用户的个性化配置信息）来达到此目的
首先使用cd命令返回个人文件夹
cd
然后，使用以下命令查看个人文件夹下的所有文件/文件夹
ls -a可以发现当前文件夹下有.bashrc文件
使用vim软件编辑.bashrc文件
vim .bashrc此时处于文件预览模式（无法修改），需要按i键进入编辑模式。 这时左下角变成INSERT
进入编辑模式后，在.bashrc文件末尾添加以下几行命令
然后按Esc键退出编辑模式并返回预览模式（左下角的INSERT消失）
当vim处于预览模式时，你可以通过一系列命令来管理文档。 这里不再赘述（先退出这个幽灵界面），只介绍两个常用的命令。
:wq 保存相关修改并退出
:q 直接退出
这里我们输入：wq，回车执行，就会回到命令行界面（vim在预览模式下可以通过一系列命令来管理文档，这里不再赘述）
执行source .bashrc命令刷新文件，使配置生效。 这时用户名前面就会多一个（base），这也代表mamba已经安装成功了（不容易）
source .bashrc
03
conda/mamba 基本使用流程
base出现的那一刻，就意味着我们已经有了自己的生物识别软件管理工具，那么如何使用呢？
接下来我们举一个“毛坯房”的例子（久违的连接家庭的例子）
假设你历尽千辛万苦，终于拥有了自己的“毛坯房”（Linux服务器设备）
顾名思义，毛坯房空间广阔，没有任何油漆。 经过一番操作，你对房子的承重墙（底座）进行了加固，这意味着房子目前处于锅碗瓢盆（几乎没有生物识别软件）的状态，根本无法满足日常需求（朋友来玩）只能睡地上）
经过深思熟虑，你决定购买一些家具或基本的生活设施（装修软件）来满足你的日常需求（朋友来的时候有地方住）。 那么去哪里买呢？ 当然，大型电商更可靠（anaconda.org），购买过程也很顺利，但接下来我们又面临一个问题：把这么多东西堆在一个毛坯房里真的好吗？ 且不说是否好管理，如果来玩的朋友太多ubuntu软件安装在哪里，不小心撞倒了承重墙，房子就没了（
）
想了想，你觉得在这个空间里吃饭睡觉似乎不太合适（确实不合适）。 把家具搬出去后，准备盖房子（再创建几个虚拟环境）。 每个房子都有不同的特点。 功能（卧室、书房、厨房、卫生间……分开，互不干扰），以后想去哪儿就去哪儿（笑）
房屋建成后，您将具有相应功能的家具移动到相应的房屋中（在新的虚拟环境中安装软件）。 这时，这座“毛坯房”终于有了家的样子了（
）
忙碌了一天，你回到卧室，在柜子里找到积木（你的数据），躺在床上把玩（用相关软件分析数据），最后舒舒服服、幸福地睡着了（你终于可以睡觉了）
因此，在使用mamba安装管理软件时，切记不要将软件直接安装到默认的基础虚拟环境中。 base包含了conda/mamba等一系列比较重要的核心组件。 如果因为安装其他软件而产生依赖冲突，那就和砸承重墙不一样了！
正确的软件安装流程应该是：
首先，为某种类型的工作/某种软件创建专用的虚拟环境（建造房屋）
然后，在这个虚拟环境中安装这些软件（将具有相应功能的家具搬进房子里）。 该软件最好来自anaconda.org（家具是从大型电子商务公司购买的）
最后，当你想进行相关分析时，只需进入相应的虚拟环境即可（睡在卧室，做饭在厨房）
接下来我们安装一个比较常用的信息生成软件blast，详细介绍一下上面的过程。
我们先盖房子吧。 门牌号称为爆炸。 使用以下命令创建虚拟环境：
mamba create -n xxx # xxx为你的环境名，本例中为blast
房子已经准备好了，你进去看看吧？ 使用以下命令激活刚刚创建的虚拟环境：
mamba activate xxx # xxx 为你的环境名，本例中为blast
成功进入房间后，左边的基地会变成门牌号（虚拟环境的名称）
此时，打开电商网站，搜索您需要购买的商品。建议在anaconda.org上查找所需的软件
运行以下命令将家具搬进屋内（在爆炸环境中安装爆炸软件）
mamba install -c bioconda blast # -c 设定软件下载的频道需要注意的是，需要把conda替换成mamba，这个命令才会调用mamba下载相关软件（大大提速，不然会慢到怀疑人生）
这里输入Y即可下载软件及相关依赖，等待安装完成（有货，有货）
家具布置好后，让我们玩一分钟（测试）。 出现如下提示，说明blast已经安装成功。
04
总结
本节主要介绍生物识别软件安装相关内容。 内容比较基础，基础才是最重要的。
学习计算机语言是漫长而无聊的
我希望我踩到了陷阱
我很荣幸能够成为您前进的垫脚石。
我们下次见（笑）
今天的故事怎么样？
咱们下次听分解吧！
下一次更新会是什么？...
关于本文的任何问题（内容批评和更正、布局相关等）
欢迎发送邮件至
liqiushi192@mails.ucas.ac.cn
期待您的建议~
参考资料和其他材料：
R 食谱，第二版 (rc2e.com)
R 包，第二版 (r-pkgs.org)
Linux命令行与shell脚本编程百科全书，第4版，人民邮电出版社
