编者注
近期,不少同学留言要求编辑推荐适合在国内读研究生的课题组。 小编对国内理论化学研究有了一个大概的了解,但毕竟还不够全面。 这个账号曾经推出过一系列关于“双清论坛”的介绍,但是当时的粉丝数量还很少,很多关注的新同学都没有看到,所以我就在这里炒一下,转发一下几篇文章。 通过这些文章,相信您可以更多地了解国内理论化学研究群体。 然而,这些文章远非全面,仅涉及研究小组开发自己的项目。 也欢迎您投稿或留言介绍更多研究组。
原文见中国科学基金2018年第1期第66-73页,作者:蒋凡、吴云东。
本文介绍了国内计算方法的概况以及相应计算软件的开发。 基本涵盖国内所有开展理论化学方法研究的课题组。
本系列推文分为三个部分:量子化学计算方法与软件、分子力场与动力学模拟、药物与材料等相关应用软件。 本文为第一部分。
低尺度和线性缩放算法
● 南京大学李淑华、李伟、马静等人开发了基于能量的分块法——GEBF法,并开发了LSQC程序,可用于数百甚至数千个复杂系统的能量和性质计算及结构优化原子。 。
●厦门大学(现复旦大学)徐新和郭文平开发的XO法将分子芯片法与ONIOM法相结合。
●徐新、吴安安等人将混合基集方法与“分而治之”策略相结合,发展了DCMB方法。
●华南师范大学顾凤龙和杜克大学杨伟涛开发了一种利用非正交局域分子轨道计算SCF的方法,并已接入GAMESS。
●中国科学技术大学杨金龙等人开发了基于密度矩阵微扰理论计算固体中电场响应的线性标度算法以及基于数值原子基组的线性标度算法,并开发了HonPAS 程序包可与 SIESTA 软件连接。
后自洽场电子相关法
●李淑华等人开发了基于局域分子轨道的CIM方法,并在GAMESS和ORCA中实现。
●南京大学马静、张洪江等人介绍了耦合电子对近似CEPA,并发展了一种可用于大系统激发态计算的方法。
●西北大学文振一等人开发了多参考位形交互(MRCI)、多参考摄动理论(MRPT2)等方法,并开发了Xi'an-CI程序包。
密度泛函理论
●徐鑫与Gorddard合作开发了X3LYP混合泛函,可以更好地描述弱相互作用。
●徐新、张英等提出了双混合泛函XYG3,它比MP2和一些常见的双混合泛函精度更高。 为了解决R-6缺乏长程色散力的渐近行为化学软件教程,进一步发展了IrcXYG3泛函。 并在NWChem、Q-Chem、Gaussian等中实现。
●徐新、吴建明等人引入神经网络算法对B3LYP进行修正,提高了热化学数据预测的准确性。
价键理论
●厦门大学张倩儿、吴伟、宋令春等人长期致力于开发基于价键理论的从头计算方法,并早期编写了VB-XIAMEN99程序。
●吴伟等。 2003年发布了XMVB,并嫁接了GAMESS软件化学软件教程,可以进行各种价键理论的计算。
相对论量子力学
●北京大学(现山东大学)刘文健等人开发了可以进行相对论DFT计算的程序BDF。 他和他的合作者还提出了计算核磁共振特性的相对论理论,并开发了一种有效的TD-DFT方法。
●四川大学王帆等人发展了自旋轨道耦合的耦合簇法SOC-CC,并在计算CC时考虑了SOC相对论效应。 在此基础上,EOM方法可以更准确地计算出元素在前5个周期的激发能。 该方法已与BDF嫁接。
量子动力学和非绝热动力学
●大连化学物理研究所韩克利等人发展了准经典轨迹(QCT)方法来研究简单化学反应的立体动力学。
●汉克利等人。 开发了 NAC-TDWP 程序,使用瞬态波包方法来计算非绝热量子散射动力学 (QSD)。 他还与张培宇一起使用GPU计算开发了GQSD程序。
●刘健(现北京大学)在美国时开发了线性化半经典初值表示理论(LSC-IVR),可以研究更复杂分子系统的量子动力学,并嵌入到AMBER软件中。
●北京师范大学崔刚龙与Walter Thiel合作开发了一套广义非绝热动力学方法GTSH,可以同时模拟内部转换(IC)和系间跳跃(ISC)过程。 这是唯一实现 QM/MM 广义非绝热动力学(IC 和 ISC)的软件包。
●崔刚龙、方伟海等人在罚函数法的框架下,提出了一种在QM/MM级别上优化三态势能面圆锥相交的方法,并在其BNU-CI中实现程序包,与Molpro、MNDO99、ChemShell包对接。
●青岛生物能源与过程研究所兰振刚等。 开发了基于在线电子结构计算的非绝热动力学仿真软件包JADE,该软件包与Turbomole、GAUSSIAN和GAMESS(美国)的激发态量化方法相连接。
量子化学分析软件
●北京科技大学陆天(现北京科银自然科学研究中心)和陈飞武开发了波函数分析软件Multiwfn,该软件集成了多种波函数分析方法。 它功能非常强大,用户友好,有自己的可视化模块,并且可以与VMD分子可视化软件接口。 同时Multiwfn可以使用多线程并行,效率更高。 已被国内外多个研究小组使用,被引用超过2500次。 (本文封面图为Multiwfn的logo)